総説

1. バクテリアと動物プランクトン､ 加藤憲二､ 生物科学(岩波) 36:169-175(1984).
2. 湖沼における有機物の生産と自然浄化､ 坂本充･加藤憲二､ 微生物の生態(学会出版センター)12:145-169(1984).
3. 水界生態系の中のバクテリア､ 加藤憲二､ 科学(岩波) 55:250-254(1985).
4. 水界生態系における有機物代謝とバクテリア､ 加藤憲二､ 国立公害研･自然浄化シンポジウム､No.3:137-146(1986).リア−浮遊と付着、加藤憲二､ 微生物の生態(学会出版センター)
5. 水界生態系の中のバクテリア−浮遊と付着、加藤憲二､ 微生物の生態(学会出版センター)15: 27-39(1988).
6. Planktonic bacterial strategy in aquatic ecosystem: free-living vs. attached. Kato, K. in Recent Advances in Microbial Ecology(Hattori,T. et al. eds.), p373-377，Jpn. Sci. Soc. Press (1989).
7. Aquatic microbial community:what is known regarding the issue of GEMs. Kato, K.,Pro.Adv.Mar.Tech.Conf.13:55-61(1990).
8. 水界生態系の中のバクテリア−組換え微生物の野外利用に関連する２、３の問題点．加藤憲二、月刊海洋､ 23:60-64(1991).
9. 遺伝子組換え微生物の生態系に及ぼす影響､ 加藤憲二､ 遺伝 45:29-32(1991)
10. 湖の物質代謝とバクテリア､ 加藤憲二､ 微生物の生態19,学会出版センター, p63-78(1994).
11. 原始共生系ー微生物生態学の新展開、加藤憲二、月刊地球、18：31-35 (1996).
12. 水圏微生物生態学のレッスン、加藤憲二、水環境学会誌、19：598-604 (1996).
13. Image analysis of bacterial cell size diversity. Kato, K. in Microbial Diversity in Timeand Space, ed. by. Colwell, R.R., Shimidu, U., and Ohwada, K. Plenum, p141-147 (1996).
14. 極限環境と微生物、加藤憲二､ 山本啓之、千浦博、日本生態学会誌、47:83-87(1997).
15. 地球史における硫黄と硫黄酸化細菌の生態進化、山本啓之、牧陽之助、加藤憲二、月刊地球、19:285-289(1997).
16. 環境科学と環境教育のあいだ（１）、加藤憲二、信州大学環境科学年報、19:1-4(1997).
17. Denitrification in aquatic environments:microbial approach for environmental studies. Abe, D.S. and K.Kato, Mirocobes and Environments,13:51-57 (1998).
18. 生態系の中のバクテリアの位置、あるいは原始共生系という考え方、加藤憲二、日本農芸化学会誌73:623-625(1999).
19. 微生物の世界の全貌がみえてきたーバクテリアの惑星地球、加藤憲二、岩波・科学Vol.69,517-525243(1999).
20. Extreme environment – a new realm of limnology. Kato, K. et al. Jpn.J.Limnol.60:235-243(1999).
21. 熱水環境の微生物生態系、山本啓之、加藤憲二、月刊海洋、19:197-202(1999).
22. 原始共生系から地球生態系へ、山本啓之、加藤憲二、月刊地球、23:162-167(2001).
23. 地下生物圏、加藤憲二、永翁一代、地学雑誌、１０００号機年特別号114, 434-444(2005).
24. Exploring subseafloor life with the Integrated Ocean Drilling Program. D’Hondt S., Inagaki, F., Ferdelman, T.,Jergensen, B.B., Kato, K., Kemp, P., Sobecky, P., Sogin, M., and Takai,K. Scientific Drilling, 5:26-37(2007).
25. 水循環と地下生命圏—富士山地下圏を例に、加藤憲二、瀬川琢也、永翁一代、River Front、74:12-16(2012).
26. 水の大循環2 富士山の水循環の可視化―海底湧水を含めて 竹村公太郎、加藤憲二、立田潤一郎、ビオストーリー人と自然の新しい物語 生き物文化誌、22：14-17(2014).
27. 水循環における微生物DNAインディケーター、加藤憲二、永翁一代、River Font、81:6-10 (2015).
28. 地下水流動系という視点から見る微生物動態研究の課題と展望、杉山歩、辻村真貴,加藤憲二、地下水学会誌、62(3):429-446(2020).
29.  深部地下水を対象とした微生物基礎データの収集、杉山、井原、永翁、辻村、加藤、地盤工学ジャーナル,(2021).

報文

1. 中部山岳乗鞍岳の微環境､ 柴田治･加藤憲二ほか､ 信州大学理学部紀要 11:25-39 (1976).
2. 松本城の濠の富栄養化の現状とその対策､ 倉沢秀夫･沖野外輝夫･加藤憲二･吉沢清晴､信州大学諏訪臨湖実験所報告 2:211pp(1978).
3. Limnological pre-survey of Lake Phewa, Nepal. Kato,K. & Hayashi,H. J.Fac.Sci. Shinshu Univ.15:27-29(1979).
4. 江の川における生態学的調査､ 沖野外輝夫､ 加藤憲二ほか､ 信州大学諏訪臨湖実験所報告 3:53-75(1980).
5. リハビリプールの水質管理､ 加藤憲二､ 理学療法(メジカルプレス) 4:265-270(1987).
6. 松本城の濠のプランクトン群集の現状とその浄化対策､ 倉沢秀夫･沖野外輝夫･加藤憲二､信州大学諏訪臨湖実験所報告 8:255pp(1991).