当研究グループでは、（１）富士山地下圏を主な対象とした微生物と水・物質循環、（２）海洋における原核生物群集とウイルスの原核生物制御への地球温暖化の影響、（３）森林土壌の物質変換と微生物の窒素代謝、（４）高温極限環境の微生物生態系、を対象として、それら環境微生物の分布、多様性、活性、増殖速度、物質循環への寄与、地球環境への影響と進化史的な考察に関する研究を行っています（→フィールドを参照）。

（１）富士山地下圏を主な対象とした微生物と水・物質循環

（２）海洋における原核生物群集とウイルスの原核生物制御への地球温暖化の影響

（３）森林土壌の物質変換と微生物の窒素代謝

（４）高温極限環境の微生物生態系