1. 『微生物による環境制御･管理便覧』 第２部第１章｢水圏における微生物の分布と機能｣岩井重久編､ 環境技術研究会(1983).
2. 『環境微生物実験法』 5 ｢底泥の微生物実験法｣､ 須藤隆一編､ 講談社(1988).
3. 『湖沼汚染の診断と対策』､ 分担執筆､ 服部明彦編､ 日刊工業社(1988).
4. 『小事典 微生物の手帳』､ 分担執筆､ 服部勉編､ 講談社(1988).
5. 『自然の浄化機構』､ 分担執筆､ 宗宮功編､ 技法堂出版(1990).
6. 『塩尻市史』 第１巻､ 陸水､ 分担執筆､ 塩尻市(1991).
7. 『私たちのまちの水と生きもの』､ 編著､ 松本市教育委員会(1993)
8. 『21世紀の地域Care』(丸地信弘編)のうち｢環境保全の教育｣､ 信濃毎日新聞社(1993).
9. 『メソコスム湖沼生態系の解析』(西条八束･坂本充編) 共著､ 名古屋大学出版(1993).
10. 『教養としての医療』(信州大学医療技術短期大学部編) 編著､ 信濃毎日新聞社 (1994).
11. 『生物学辞典』第４版、生態学のうち特に陸水学・微生物生態学の項､岩波 (1995).
12. 『微生物学実験法』改訂版、3　有機物の代謝活性、講談社サイエンテイフィック　（1999）
13. Lake Kizaki, Saijo Y. & H.Hayashi eds., Cahjpter 13 Microbial matter flux, Kluvier, Amsterdam (2001)
14. 『微生物利用の大展開』、第４章　VBNC概念の背景、今中忠之監修、エンテイーエス(2002)
15. 『生態学事典』、微生物生態学の項、巖佐、松本、菊沢編、共立出版(2002)
16. 『生物学辞典』第５版、微生物学の項　編集執筆､岩波 (2013).
17. Behavior of Radionuclides in the Environment I Function of Particles in Aquatic System,Springer-Nature, Chief Editor and Author of Chapter1,2,4,8, and 9.225pp. (2020).
18. Behavior of Radionuclides in the Environment II Chernobyl, Springer-Nature, Editor, 443pp. (2020).

その他(２００7年以降)

1. ライブラリーへぶらり、加藤憲二、静岡大学附属図書館通信、156(2007.4).
2. カフェ、イン　ライブラリー、加藤憲二、静岡県大学図書館協会会報、10(2008.3).
3. 本を捨てる、１０年後を考えて、加藤憲二、静岡大学附属図書館通信、156(2008.4).
4. 見えない図書館、加藤憲二、静岡県大学図書館協会会報、11(2009.3).
5. Learning Parkへ　静岡館リニューアル！静岡大学の文化を作りませんか、加藤憲二、静岡大学附属図書館通信、160(2009.12).
6. 大学には図書館がある、加藤憲二、静岡大学附属図書館通信、161(2010.4).
7. 駿河湾の生態系担う　バクテリアとアーキア、加藤憲二、しずおか自然史、静岡新聞、3.14.
8. 勝手と自由、加藤憲二、静岡大学附属図書館通信、163(2011.4).
9. 駿河湾を望む　中規模国立大学の挑戦、加藤憲二、丸善ライブラリーニュース、１４号、p1~3、9.20.
10. １％、加藤憲二、静岡大学附属図書館通信、163、p1~2、2012.3.
11. 細菌が支える地球の生命、加藤憲二、静岡大学読売新聞講座、6.1.読売新聞地域27.
12. 「共生という生き方」サイエンスブックカフェ、加藤憲二、静岡新聞、3.10.